Жестокий турнир, санкционированный злыми волшебниками Quan Chi и Shang Tsung близится к завершению - причeм дажe мoгущественный Raiden не смог выстоять против Смертоносного Альянса. Но когда казалось, что намерения 2-ух волшебников осуществились, был замечен недруг еще больше мощный и ужасный, старинный, как само Зло - Dragon King. Он сокрушил чародеев-победителей, и сейчас всем мирам грозит очень серьёзная опасность.

После смерти Шиннока в МК4 его душа перенеслась в астральный мир. Magnectro - астральный дух этого мира. Он поглощает души умерших существ. Встретив душу Шиннока (несмотря на то что он бог), он услышал его. Шиннок с ним заговорил и попросил, чтобы перенес его дух к его лучшему союзнику - Нубу. Взамен он дал возможность перемещаться между астральным и реальным миром. Душу Нуба при этом он оставил. Получилось двоедушное существо с силой Шиннока и характером Нуба. Шиннок (Нуб) захотел вернуть власть себе снова. И опять началась война

Спустя некоторое время после создания миров, у бога-защитника Эдении, Аргуса и его жены-колдуньи Делии родились дети: Тэйвен и Дэйгон. Делия могла видеть пророчества касающиеся будущего. Одно из событий, которые она увидела во время своих видений было полное уничтожение всех миров, в результате появления слишком большого числа слишком сильных воинов. Старшие Боги потребовали предохранить вселенные от уничтожения и поручили задание Аргусу и Делии.